Эстонское братство появилось в Петербурге в конце ХIХ века. Его инициатором вместе со священником эстонцем Павлом Кульбушем, впоследствии еп. Платоном (фото 2), стал известный в городе протоиереем Философ Орнатский (фото 3, слева). Отец Философ, председатель Общества религиозно-нравственного просвещения, был одним из самых видных представителей столичного духовенства, прекрасным проповедником. Он был расстрелян одним из первых представителей духовенства - в августе 1918 года под Петербургом. В 2000 году Церковь причислила его к лику святых. Отец Павел и отец Философ составили Устав нового Братства, которое решено было назвать в честь священномученика Исидора Юрьевского. Устав Братства был утвержден 8 июня 1898 года. В его состав могли входить не только православные эстонцы, но и православные других национальностей. По примеру древнерусских православных братств эстонское имело хоругвь с изображением Крещения Господня и свмч. Исидора.

Торжественное открытие братства состоялось в воскресенье, 29 ноября 1898, в зале Общества распространения религиозно-нравственного просвещения. На первом годичном собрании в январе 1899 в Совет братства были избраны: прот. Ф. Н. Орнатский (товарищ председателя), свящ. П. П. Кульбуш (делопроизводитель), свящ. И. К. Лабутин, А. А. Полещук, П. И. Сепп, И. Я. Пономарев, Н. А. Нелюбин, М. П. Филиппов (казначей братства), А. И. Иванов, Г. Г. Аннус, К. Ф. Кикаен. 

Председателями братства до 1917 г. являлись епископы Гдовские, викарии Петербургской епархии: в 1899-1901 гг. – Вениамин (Муратовский, фото 6), 1901-1904 гг. – Константин (Булычев, фото 7), 1905-1910 гг. – священномученик Кирилл (Смирнов, фото 8), 1910-1917 гг. – священномученик Вениамин (Казанский), будущий Петроградский митрополит (фото 9). 

Сразу же после своего учреждения братство начало строить в Санкт-Петербурге эстонский храм. Проект выполнил член братства архитектор А. А. Полищук. О. Павел Кульбуш приступил к организации сбора средств для постройки приходской церкви. Пожертвования собирались по всем храмам Российской империи. Первым откликнулся на призыв молодого настоятеля св. праведный протоиерей Иоанн Кронштадтский (фото 3, справа), написавший при этом на первой странице сборной книги: «Всем сердцем моим молю Господа, главу Церкви, да привлечет сердца доброхотов к посильным жертвам на устройство в столице православного эстонского храма». О. Иоанн Кронштадтский до последних своих дней принимал деятельное участие в Комиссии по строительству храма и состоял ее почетным председателем. Строительство храма на 720 молящихся при Исидоровском братстве с домом для церковно-приходской школы, общежития, зала для духовных бесед, духовной библиотеки и книжного склада было завершено в 1908 (фото 1). Через 11 лет братчики вынуждены были передать все имущество государству и заключить с ним договор об использовании национализированного имущества. 

Благотворительная деятельность братства распространялась на нужды церкви, содержание 2-классной церковно-приходской школы с общежитием, школьно-народного хора, бесплатной библиотеки с читальней и книжным складом, а также на помощь бедным прихода. Издавались на эстонском языке газета и книги духовно-нравственного содержания, велись нравоучительные беседы для взрослых и чтения для детей. Для приезжавших в столицу на заработки эстонских девушек братство устроило в церковном доме бесплатное убежище.

По мнению историка М.В. Шкаровского, Эстонское братство лишь для конспирации переименовало себя в 1918 г. в приходскую общину, однако продолжало жить активной братской жизнью. В марте 1923 г. в братское помещение перехал Богословский институт, однако через два месяца он был закрыт. Исидоровский приход был одним из немногих в Петрограде, не уклонившимся в обновленческий раскол.

В середине 1920-х гг. братство и находившееся в его ведении церковное здание являлось центром православного духовного образования на всей территории СССР. В 1923-28 гг. в помещениях при храме размещалось Богословско-пастырское училище, а в 1925-28 гг. также и Высшие Богословские курсы, единственные в тот период в Московской Патриархии. Заведующим училищем в 1925-26 гг. был о. А. Пакляр, а секретарем о. К. Эльб (фото 4, 5), затем заведующим училищем стал будущий Ленинградский митрополит, тогда архимандрит Гурий (Егоров). Ректором же Высших Богословских курсов все время был прот. Николай Чуков – будущий Ленинградский митрополит Григорий. 

Летом 1928 г. власти закрыли как училище, так и Высшие Богословские курсы. В конце 1920-х – первой половине 1930-х гг. в Исидоровской церкви часто служили Ленинградские митрополиты: с 21 марта 1928 по 14 октября 1933 гг. священномученик Владыка Серафим (Чичагов, расстрелянный в 1937 г.) и с 20 января 1934 по 21 января 1935 гг. – будущий Патриарх Владыка Алексий (Симанский). В храме регулярно проводились благотворительные сборы пожертвований в пользу бедных приходов Ленинградской епархии. Несмотря на протесты братчиков, храм был закрыт властями 25 февраля 1935 г.

В 1930-е гг. сонм новомучеников российских пополнили еще несколько эстонских священников Петербургской епархии. С 1904 г. до ее закрытия в феврале 1935 г. служил в Исидоровской церкви прот. Карп Эльб. Будучи священником Казанской церкви на Ленинградском Красненьком кладбище, он был 25 августа 1937 г. арестован и 24 сентября 1937 г. расстрелян. Канонизации о. Карпа состоялась в 2002 г.

Брат известного в епархии прот. Николая Симо (в 1923-30 гг. настоятеля Андреевского собора Кронштадта и благочинного всех храмов города, расстрелянного в 1931 г.) протодиакон Петр Симо служил служил в Исидоровской церкви с 1925 г. по 1935 г. Следует упомянуть, что о. Петр являлся членом Всероссийского Поместного Собора 1917-18 гг. от Петроградской епархии. Расстрелян в 1937 г. 

Прот. Александр Пакляр расстрелян в 1938 г. и похоронен в Левашово под Ленинградом. 

Вместе со священниками была репрессирована и значительная часть прихожан. К концу 1930-х гг. советские власти уничтожили все эстонские православные общины. В настоящее время уже две бывшие эстонские церкви – Исидоровская в Петербурге и Крестовоздвиженская в Кронштадте – возвращены верующим, но эстонцев в их приходах очень мало.